В альтернативном мире, где технология уживается рядом с распространённым таинством алхимии, два брата Эдвард и Альфонс мечтают о возвращении своей погибшей матери.
Прибегая к алхимии, дети терпят неудачу и забывают о беззаботной жизни: Эдвард теряет руку и ногу, в то время как Альфонс лишается всего тела - его дух оказывается заключён в доспехах.
Несколько лет братья странствуют в поисках легендарного философского камня, надеясь исправить страшную ошибку и вернуть утраченное. На пути к цели их ждут встречи с новыми товарищами и ужасающими врагами, а главное - разгадка тайны давным-давно пропавшего отца…